U prvoj fazi u Zavodu se radilo na pet projekata: Izrada sintakse hrvatskosrpskog jezika (voditelj prof. Lj. Jonke), Engleski element u hrvatskosrpskom i evropskim jezicima (I faza) (voditelj prof. R. Filipović), Osobna onomastika rimskog Ilirika (voditelj prof. R. Katičić), Istraživanje istrorumunjskog dijalekta (prof. A. Kovačec), Ispitivanje grčkih i dalmatskih ostataka na jadranskim otocima (prof. V. Vinja).

U drugoj fazi Zavoda najistaknutiji projekti bili su: međunarodni projekt na kojem su surađivali uz domaće istraživače i lingvisti iz Centra za primijenjenu lingvistiku iz Washingtona pokrenut 1967. Hrvatsko-srpsko engleski kontrastivni projekt (voditelj prof. R. Filipović), Petojezični kontrastivni projekt - njemački je vodio prof. S. Žepić, ruski prof. A. Menac, talijanski prof. J. Jernej, francuski prof. Ž. Klaić i španjolski prof. K. Budor. U međuvremenu je pokrenut i Zagrebački hrvatsko-engleski kontrastivni projekt (voditelj prof. R. Filipović) te opsegom manji Prilozi opisu jezika hindi (voditeljica prof. M. Jauk Pinhak).

Uz višegodišnja istraživanja u okviru kontrastivnih projekat, u razdoblju od 1971. do 1975. radilo se i na nizu novih: Povijest hrvatskog književnog jezika 19. stoljeća (voditelj prof. Z. Vince), Istraživanje romanskih jezika i njihovih elemenata na području SR Hrvatske i SFR Jugoslavije (voditelj prof. V. Vinja) – projekt podijeljen u četiri zasebne teme: Etimološki rječnik jadranske faune (prof. V. Vinja), Utvrđivanje i usklađivanje talijanske terminologije s područja društvenog života na našem državnom području (prof. J. Jernej), Sefardski govori Bosne, Hrvatske, Makedonije i Srbije (prof. A. Kovačec) i Arumunjski govori SFR Jugoslavije (prof. A. Kovačec). U ovome su periodi pokrenuti i sljedeći projekti: Istraživanje frazeologije u ruskom i hrvatskom književnom jeziku (voditeljica prof. A. Menac), Kompjutorska analiza tekstova stare hrvatske književnosti (voditelji profesori Ž. Bujas i M. Moguš), Englesko- hrvatski leksikografski korpus (voditelj prof. Ž. Bujas), Hrvatski toponimi u engleskoj putopisnoj literaturi i Engleski element u evropskim jezicima (voditelj obaju prof. R. Filipović).

Razdoblje od 1976. do 1980. godine donosi promjene u ustroju projekata pa se svi istraživački zadaci smještaju u okvire dvaju velikih znanstvenih projekata: Proučavanje hrvatskoga književnog jezika i Kontrastivno proučavanje hrvatskoga ili srpskog jezika u odnosu prema stranim jezicima. Unutar tih se dvaju projekata radilo na nizu manjih od kojih su neki bili nastavak, odnosno proširenje ranijih pojedinačnih projekata ili potpuno nova istraživanja: Kompjutorska analiza tekstova starije književnosti, Proučavanje hrvatskoga jezika 19. stoljeća, Korpus tekstova suvremenoga hrvatskoga književnog jezika (pokretač prof. M. Moguš), Rječnik ekonima, njihovih etnika i ktetika (voditelj prof.S. Babić). U okviru Hrvatske frazeološke problematike kojom se ponajprije bavila prof. A. Menac pokrenuta je serija Mali frazeološki rječnici. Prof. V. Vinja vodio je projekt Etimološki rječnik dalmatskih elemenata u hrvatskom jeziku. Unutar postojećih projekata pokrenuti su neki novi zadaci: Izrada rječnika hrvatskoga bibliotekarstva (voditeljica dr.sc. A. Horvat), Osobitosti građenja teksta kao jezične i informacijske cjeline (voditeljica prof. Z. Glovacki-Bernardi) i Leksik grada Korčule (voditelj prof. D. Kalogjera).

U razdoblju od 1980. do 1990. nastavljen je rad na navedenim zadacima, no ujedno su započeti i novi projekti. 1989. Zavod se uključio u rad međunarodnog projekta Language Industries koji je organizirao Savjet za kulturnu suradnju Europskog vijeća u Strasbourgu. I dalje se radi na kontrastivnim projektima pa je uz kontrastivnu analizu engleskoga i hrvatskoga (R. Filipović), nastavljen rad na kontrastivnoj analizi francuskoga i hrvatskoga (Ž. Klaić), njemačkoga i hrvatskoga (S. Žepić), ruskoga i hrvatskoga (A. Menac), španjolskoga i hrvatskoga (A. Kovačec) i talijanskoga i hrvatskoga (Z. Vučetić). Od 1986. godine u projekte Zavoda uključena je i kontrastivna analiza grčkoga, latinskoga, novogrčkoga i hrvatskoga pod vodstvom O. Perić, a nešto kasnije pod vodstvom B. Pavlovskoga pokrenut je i projekt kontrastivne analize makedonskoga i hrvatskoga jezika. Nastavljen je rad na projektima: Problemi leksikološko-semantičkih korespondencija hindskoga i hrvatskoga (voditeljica prof. M. Jauk-Pinhak) i Postupci u prevođenju elemenata kulture i civilizacije (voditelj prof. V. Ivir).

Od 1991. godine u Zavodu se radilo na osam različitih projekata od kojih su neki bili nastavak ranije započetih istraživanja, a dio je predstavljao potpuno nova istraživanja: Načela organizacije leksika (voditeljica prof. M. Žic Fuchs), Francuska deskriptivna gramatika s osobitim obzirom na hrvatsku (voditelj prof. M. Kačić) i Dijalekti i standardi engleskoga jezika (voditeljica prof. D. Maček).

1996. godine Ministarstvo znanosti i tehnologije odobrilo je potporu za pet projekata: Semantička polja i sintaksa (voditeljica prof. M. Žic Fuchs), Supostavne gramatike: hrvatska i francuska (voditelj prof. M. Kačić), Hrvatsko-njemačke jezične veze (voditeljica prof. Z. Glovacki-Bernardi), Istraživanje zapadnoslavenskih jezika (voditeljica prof. D. Sesar) i Računalna obradba hrvatskoga jezika (voditeljica dr.sc. V. Muhvić-Dimanovski).

U razdoblju od 2002. do 2006. godine nastavlja se rad na projektu Računalne obradbe hrvatskoga jezika, posebice na izradi milijunskoga korpusa hrvatskoga jezika (voditelj prof. M. Tadić) te započinje projekt Neologizmi – problemi teorije i primjene (voditeljica dr.sc. V. Muhvić- Dimanovski).

Od 2007. godine u Zavodu se vodio istraživački program s nekoliko zasebno podupiranih projekata: Računalnolingvistički modeli i jezične tehnologije za hrvatski jezik i Hrvatski jezični resursi i njihovo obilježavanje koje je vodio M. Tadić, zatim Računalna sintaksa hrvatskog jezika (Z. Dovedan), Leksička semantika u izgradnji hrvatskoga WordNeta (I. Raffaelli), Informacijska tehnologija u prevođenju hrvatskog i e-učenju jezika (S. Seljan), Otkrivanje znanja u tekstnim podatcima (B. Dalbelo). Nastavljen je rad na projektu Neologizimi u hrvatskome i europskome kontekstu V. Muhvić-Dimanovski.

Prateći promjene u lingvistici, ali i u načinu prijave i rada na projektima Zavod je bio jedan od aktivnih partnera u nekoliko međunarodnih projekata pod vodstvom dr.sc. M. Tadića: ACCURAT (Analysis and Evaluation of Comparable Corpora for Under Resoursced Areas of Machine Translation, FP7), LetsMT! (Platform for Online Sharing of Training Data and Building User Tailored Machine Translation, ICT PSP), CLARIN ERIC (Common Language Resources and Technology Infrastructure), CESAR (Central and South-east european Resources, ICT PSP). U suradnji s Institutom za antropologiju koji je bio jedan od devet partnera, u razdoblju od 2006 do 2010. dvoje je suradnika iz Zavoda radilo na projektu LINEE (Languages in Network of European Excellence) u okviru programa FP6. Tijekom 2010. i 2011. MZOŠ financiralo je dvogodišnji bilateralni projekt pod naslovom Međujezične i međukulturalne veze te konstrukcija nacionalnog identiteta u slovenskom i hrvatskom turističkom diskursu koji je u suradnji sa Sveučilištem u Kopru vodila dr.sc. V. Muhvić-Dimanovski.

Tijekom 2015. i 2016. Sveučilište u Zagrebu financiralo je projekt Jezični identiteti hrvatske iseljeničke zajednice u Argentini voditeljice A. Skelin Horvat. U istom je razdoblju vođen i projekt HR4EU: Mrežni portal za online učenje hrvatskoga jezika (M.Tadić) financiran iz Europskog socijalnog fonda.

Od samih početaka Zavod je bio usmjeren ne samo na znanstvena istraživanja nego i na primjenu postignutih rezultata u diplomskoj i doktorskoj nastavi.