Analiza dosadašnje uspješnosti sustava znanstvenih novaka ukazala je na činjenicu da čak više od polovice znanstvenih novaka nikada ne uspije doktorirati. Time se postavlja pitanje uspješnosti i učinkovitosti ulaganja u program znanstvenih novaka, te kristalizira potreba uspostavljanja jasnog sustava odgovornosti samog novaka, mentora i ustanove na kojoj je novak zaposlen.
Aktualni sustav napredovanja u znanosti (i vezano, u visokom obrazovanju) koji je u primjeni od 2003., propisuje obavezno napredovanje u karijeri i u konačnici je doveo do stvaranja kadrovske strukture u kojoj je najveći broj znanstvenika u najvišem znanstvenom zvanju znanstvenog savjetnika (odnosno redovnog profesora). Trenutno je u znanstvenom i sveučilišnom sustavu 34% znanstvenika u zvanju znanstvenog suradnika, odnosno docenata, 24% ih je u zvanju višeg znanstvenog suradnika, odnosno izvanrednog profesora, dok ih je čak 42% u zvanju znanstvenog savjetnika, odnosno redovnog profesora. Takav ustroj ne potiče produktivnost i angažman istraživača kao uvjet za napredovanje, već se prijelaz u viša zvanja percipira kao logičan i ustaljen slijed u karijeri. Dodatno, sustav u kome ima najviše znanstvenika koji su po karijernoj razini glavni istraživači na znanstvenim projektima dovodi do fragmentacije znanstvenih istraživanja i ozbiljna je zapreka provođenju velikih znanstvenih projekata. (…) Trend velikog broja projekata, koji je dominantno posljedica sustava napredovanja znanstvenika, suprotan je europskoj tendenciji okrupnjavanja projekata u smislu financijske vrijednosti i broja uključenih istraživača.
Jedan od ključnih problema predstavlja i dominacija javnog sektora u znanstveno-istraživačkoj djelatnosti: U Republici Hrvatskoj, za razliku od većine država Europske Unije, državni sektor ima veći udio zaposlenih u R&D od poslovnog sektora, a udio privatnog i javnog sektora u obavljanju istraživačke djelatnosti približno odgovara omjeru od 40 prema 60%, što je suprotno europskim trendovima.
Važno je naglasiti da su identificirani napori pojedinih javnih znanstvenih instituta da svoje kapacitete usmjere na istraživanja za gospodarstvo i ostale moguće korisnike, no potrebno je u tu svrhu osnažiti postojeći zakonski okvir kroz poticanje kompetitivnosti u dobivanju sredstava za znanstvenu djelatnost iz Državnog proračuna Republike Hrvatske, te stvaranje poticajnog okvira za suradnju s privatnim sektorom. Uz to, javni znanstveni instituti u Hrvatskoj pretežno se bave temeljnim, a manjim djelom primijenjenim i razvojnim znanstvenim istraživanjima, te su specijalizirani isključivo u pojedinim područjima ili granama znanosti
Iako su publikacije trenutno zapravo jedini pokazatelj uspješnosti rada znanstvenika (Pravilnik o uvjetima za izbor u znanstvena zvanja, Narodne novine broj 84/2005, 100/2006, 120/2007, 71/2010, 116/2010), u znanstvenoj zajednici još uvijek ima segmenata gdje nije općeprihvaćeno da su relevantne publikacije conditio sine qua non sustavnog znanstvenog rada.
Propisuje se postupak izbora na znanstvena radna mjesta, koji se provodi isključivo u znanstvenoj pravnoj osobi uz provjeru zadovoljavanja minimalnih nacionalnih kriterija, te dodatnih kriterija instituta za znanstvena radna mjesta. Dodatno, propisuje se postupak provjeravanja obveznih periodičnih izvješća zaposlenih znanstvenika, čije ne-prihvaćanje vodi pokretanju postupka redovitog otkaza ugovora o radu. Zakonom se ukida postojeći sustav izvan-institucionalnog dodjeljivanja znanstvenih zvanja kroz znanstvene matične odbore i uvodi se odgovornost tijela znanstvenih pravnih osoba za odabir kandidata i provjeravanje ispunjenja kriterija za izbor na znanstvena radna mjesta.
Posebno se određuju financijska sredstva osigurana za provedbu Strategije razvoja znanosti i tehnologije Republike Hrvatske koja se sastoje od: osnovnih sredstava, namijenjenih za osnovnu znanstvenu djelatnost javnih znanstvenih instituta i javnih sveučilišta, za održavanje znanstvene infrastrukture i znanstvenog sustava; zatim razvojnih sredstava, namijenjenih za ostvarenje strategija razvoja javnih znanstvenih instituta i javnih sveučilišta koja se određuju kroz programske ugovore; te natječajnih sredstava namijenjenih za kompetitivno financiranje znanstvene djelatnosti putem natječaja i ugovora za znanstvene projekte i programe.
Početkom rada novog Nacionalnog vijeća za znanost i tehnologiju, čije su strateške zadaće jasno određene Zakonom, Vlada Republike Hrvatske će donijeti Strategiju razvoja znanosti i tehnologije Republike Hrvatske, te kratkoročne i dugoročne prioritete u sustavu javnog financiranja znanstvenih istraživanja. Donositelji javnih politika u području znanosti, uz pomoć akademske zajednice, donijet će na taj način jasne ciljeve znanstvenih istraživanja za društvo i gospodarski rast, odrediti vremenske okvire za pojedine prioritete koji će se periodično revidirati i provoditi kroz sve vrste javnog financiranja: institucionalno i kompetitivno. Prijelaz s velikog broja široko definiranih (slobodnih) istraživanja na strateška istraživanja (temeljna i primijenjena), uz poticanje suradnje s gospodarstvom i visokoobrazovnim institucijama, u interesu je razvoja društva i odgovornost je znanstvene zajednice prema javnim sredstvima. Istraživanja (posebice primijenjena) financirana iz javnih sredstava na taj će način povećavati svoju inovativnost i kvalitetu, a njihova razvojna komponenta privući će više ulaganja privatnog sektora u znanstvenu djelatnost.
Primjenom Zakona dogodit će se sljedeće promjene: dokinut će se sustav znanstvenih matičnih odbora i znanstvenih zvanja, te će se uvesti autonomni, institucionalni sustav izbora na znanstvena radna mjesta. Na taj će se način povećati autonomija i odgovornost sveučilišta i instituta za uspostavu i nadziranje kriterija za napredovanje u karijeri, sukladno europskoj dobroj praksi; potaknuti mobilnost znanstvenika uz vanjski sustav vrednovanja kvalitete i učinkovitosti i potaknuti stvaranje kompetitivnog ustroja radnih mjesta kroz konkurenciju za viša mjesta, što posljedično vodi kvalitetnijoj organizaciji i okrupnjavanju istraživačkih potencijala.
Uvođenjem programskih ugovora kao oblika suradnje između ministarstva nadležnog za znanost i javnih znanstvenih instituta osnažit će se uloga ravnatelja na ustanovama kroz osiguranje veće autonomije upravi ustanove u vođenju financijske i kadrovske politike.