Saša Denegri sudjelovao na više podvodnih istraživanja u funkciji organizatora, koordinatora ili nadzora. Predmetna podvodna arheološka istraživanja obavljena su pod vodstvom ili u suradnji sa Odjelom za podvodnu arheologiju Hrvatskog restauratorskog zavoda te Umjetničkom akademijom u Splitu.
1. Uvala Rake -Šćedro
U uvali Rake na otoku Šćedru pronađeni su ostaci rimske ville maritime. Pronađeni su ostaci konstrukcije antičkog pristaništa, dolije, te mnogobrojni fragmentirani ulomci grla, trbuha amfora , tegula i drugog sitnog arheološkog materijala datacije od 1. do 3- stoljeća.
2. Brodolom – sjeverna strana otoka Šćedro
Uz sjevernu obalu otoka Šćedra, između uvale Pod Japnenice i uvale Sotovi bok pronađen je brodolom s kasnoantičkim amforama. Lokalitet se nalazi na dubini od 30 do 40m. Dno je pjeskovito, a pronađeno je više ulomaka kasno antičkih amfora s ručkama. Neka grla amfora su srasla sa stijenom. Pored amfora pronađena je i manja prečka olovnog sidra duga 40cm. Cijela površina nalazišta rasprostire se na površini od oko 60m2 po kojoj su razasuti ulomci i grla amfora. Ispod sloja pijeska najvjerojatnije se nalaze ostaci čitavog brodoloma.
3. Antička obala pod morem u uvali Staroga grada na otoku Hvaru
Rekognosciranjem i istraživanjem tijekom 2015. godine pronađeni su ostaci antičke obale neposredno u blizini Staroga Grada. Cijelo dno uvale podno hotela Helios prekriveno je ulomcima antičkog posuđa. Zapadno od mula Bonja jasno je vidljiva kamena padina prekrivena mnoštvom kalcificiranih keramičkih posuda i amfora koje su prekrivene morskim obraštajem i kalcifikatom, dužine oko 14 m. Padina po kojoj su se kalcificirale amfore spušta se od kamene stijene koja se nalazi na apsolutnoj dubini od -0,42cm i u antičko doba je bila dio kopna do dubine od – 4m. Prirasli ulomci keramičkog posuđa javljaju se po padini na apsolutnoj dubini od -1,62m. Za pretpostaviti je da je i u antičko vrijeme taj dio padine bio pod morem pa će preciznija mjerenja pomoći i u određivanju razine mora u uvali Staroga Grada u antičkom razdoblju.
Nešto istočnije od hotela Helios u dužini od 9,10m, a na apsolutnoj dubini od -1,98m do -2,55m nalazi se drugi dio antičke obale.
4. Mandrač luke grada Hvara
U Mandraču luke grada Hvara obavljena su zaštitna arheološka istraživanja koja su prethodila građevinskim radovima uređenja Mandrača. Prilikom predmetnih istraživanja pronađeni su arheološki slojevi sa bogatim ulomcima prapovijesne, antičke i kasnoantičke keramike.
5. Viška bitka
Tijekom 2015. godine temeljem Koordinacije za nadzor i zaštitu prava i interesa RH na moru, suradnjom između Ministarstva kulture KO Split, Odjela za podvodnu arheologiju HRZ-a, Hrvatske ratne mornarice i Obalne straže RH pronađena je olupina talijanske oklopnjače „Palestro“ koja je potopljena u Viškoj bitci 1866. godine. Olupina koja se nalazi na 120 metara dubine pronađena je višeslojnim snimanjem (skeniranjem) brodovimaa HRM-a, a dokumentiranje je obavljeno dubinskim zaronima. Ovim nalazom kompletiran je pronalazak svih brodova potopljenih u viškoj bitci.
6. Antički brodolom – uvala Gnjila, Vis
Na lokaciji neposredno izvan uvale Gnjila na području u blizini rta Stupišće, pronađeni su ostaci do sada nepoznatog antičkog brodoloma. Brodolom sa ostacima dijelova amfora, pitosa, olovnih sidara te manjeg keramičkog posuđa nalazi se na dubini između 10 i 37 metara. Po započetim istraživanjima utvrditi će se točan kontekst, rasprostranjenost , te bogatstvo i važnost nalaza i lokaliteta. Datacija nalazišta s obzirom na do sada pronađene predmete je 4/3 st. pr. Kr.
7. Viška luka; Labotovo
Tijekom 2015. godine izrađena je primarna dokumentacija mletačkog brodoloma pronađenog u Viškoj luci 2014. godine, te srednjovjekovnog brodoloma u uvali Labotovo na otoku Visu. Istraživanja predmetnih lokaliteta tek trebaju započeti.
8. Palagruža
Rekognosciranjem podmorja otoka Palagruže na lokacijama Pupak 1 i Pupak 2 pronađena su dva do sada nepoznata lokaliteta antičkih brodoloma. Prva lokacija sa pronađenim amforama grčko-italskog tipa datira se u 3/2 st. pr. Kr, dok su na drugom pronađenom lokalitetu (sjeverna strana pličine Pupak) otkriveni ulomci amfora tipa Dressel 1, Dressel 10-11, Dressel 28 i jedan olovni ingot. Analizom ostataka utvrđeno je da se radi o ostacima brodoloma hispanskog porijekla preliminarne datacije 1. st. pr. Krista. Navedeni lokalitet je od izuzetnog značaja jer je u hrvatskom podmorju to prvi nalaz ingota olova pronađenog u kontekstu brodoloma. Obje lokacije pretpostavljaju postojanje cjelovitog brodoloma očuvanog u slojevima pijeska.